Habanec svou trenérskou kariéru odstartoval jako hrající asistent v Chomutově a Teplicích. Následně vedl pět let FK Ústí nad Labem, se kterým dokázal v červnu 2010 postoupit do první ligy. Od srpna 2012 byl trenérem moravského klubu 1. FC Slovácko, které se mu dařilo bez problémů opakovaně udržet v lize. V roce 2016 – 2017 převzal tým Zbrojovky Brno.

„Od nového trenéra si klub slibuje dosažení lepších sportovních výsledků a stabilně zlepšeného herního projevu,“ uved klub v tiskové zprávě. Třinec skončil minulou sezonu desátý.

Sportovním ředitelem a vedoucím mužstva bude Marek Čelůstka, jenž nahradí Benjamina Vomáčku, který se rozhodl ukončit spolupráci s naším klubem. Ve svých pozicích zůstávají trenér brankářů Svatopluk Schäfer, masér Jaroslav Mikulec a fyzioterapeut Karel Maceček.